Az olyan raktárak esetében, ahol nem szükséges komissiózás, az áruk kitárolásához a raktárkomissiózás bizonylata kerül használatra.
A raktárkomissiózás létrehozásának alapja szintén egy vevői rendelés a megfelelő árucikk, mennyiség és tárhely információkkal. A vevői rendelés engedélyezése után létrehozható egy raktári bizonylat Navision-ben, ill. Microsoft Dynamics 365 Business Central-ban. A raktárkomissiózás itt létrehozható közvetlenül a vevői rendelésen keresztül vagy raktárkomissiózás funkción keresztül, és egy engedélyezett rendeléssel való összekapcsolással. A Navision-ben, ill. Business Central-ban lévő vevői rendelés valamennyi releváns információja átvitelre kerül a raktárkomissiózásba. Emellett a raktárkomissiózásoknál van egy további oszlop, a „mozgatási mennyiség”. Ez a valóban leszállított mennyiségnek felel meg.
A raktárkomissiózás létrehozása után a bizonylatból egy kiszedési lista készül a raktári munkatárs számára. A kiszedési listával a komissiózó megkezdi az áruk kiszedését.
A fizikai komissiózás után a kiszedési listán szereplő információk, amelyeket általában a komissiózó kézzel jelöl meg, átvitelre kerülnek a raktárkomissiózásba. Csak ebben a pillanatban lesz átlátható, hogy milyen mennyiség, és adott esetben mely sarzsok vagy sorozatszámok valójában milyen helyről kerültek kivételre. Ezt követően könyvelésre kerül a raktárkomissiózás, és a vevői rendelés sorai frissítésre kerülnek az MS Dynamics-ban.
A vevői rendelésen keresztüli raktárkomissiózással kapcsolatos könyvelés hátránya, hogy nagy adminisztrációs ráfordítással jár. Először ki kell nyomtatni papír alapú listákat, amelyeket a komissiózás után manuálisan kell létrehozni. Itt időbeli eltérés alakul ki a fizikai árumozgás és a Navision-ben, ill. Business Central-ban történő könyvelés között. A folyamatban fellépő médiatörés következtében nem zárható ki a magasabb hibakockázat.